特別是行政體制對于按照市場機制形成的綜合物流一體化體系具有制約作用。但是，我們也不可忽視我國將港口作為一種準公共資源執(zhí)行國家戰(zhàn)略職能的傳統(tǒng)特征。這兩方面的職能對社會經(jīng)濟發(fā)展作用上都各有干秋。但是，如果兩方面職能不能通過一種統(tǒng)一的協(xié)調(diào)機制加以協(xié)調(diào)，而通過一種法制安排加以統(tǒng)一，使我國海運業(yè)的發(fā)展適應世界海運產(chǎn)業(yè)發(fā)展大趨勢的要求，那么，任何一種職能都將無法實現(xiàn)。我國當前管理體制制約作用主要表現(xiàn)：

（1)港口產(chǎn)權方面的問題我國港口的產(chǎn)權按企業(yè)的關系和所有制關系分級管理的模式。港口主管機構既是部門又是經(jīng)營部門?，F(xiàn)行的港口體制滯后于港口市場的發(fā)展要求，制約著港航制度化協(xié)調(diào)機制的建立。

（2)港口行政管理方面，我國各級行政主管部門與地方政府對港口的參與和影響過多，有些方面干擾了港口企業(yè)的運營。港口企業(yè)缺乏自主權，完全服從于政府的行政權力，海運經(jīng)營業(yè)與港口產(chǎn)業(yè)兩者都無法滿足自身戰(zhàn)略的發(fā)展需要，更無法滿足港航制度化協(xié)調(diào)機制建立的條件。

（3)港口法律保障方面存在的問題采取的是漸進的方式，改革的設計只是為了解決某些急迫的問題，缺少長遠的改革戰(zhàn)略。由于缺少長遠的迎接世界海運業(yè)競爭的挑戰(zhàn)的目標，時下的體制形成的港口與航運經(jīng)營業(yè)之間協(xié)調(diào)機制的“斷層”似乎很難通過市場機制來解決。頒布的法操作性和動態(tài)適應性不強。立法的基礎與遠景視野相對薄弱，同時政策執(zhí)行的透明度與法制貫徹效果相對滯后。執(zhí)法部門間權責不清、責權倒置及交叉的結果是港口產(chǎn)業(yè)監(jiān)控缺乏權威性和統(tǒng)一性。

同時，由于賦予了地方政府在戰(zhàn)略中的諸多行政權利，進一步造成港口重復建設，甚至形成了目前的大量港口閑置現(xiàn)象。各地在海運業(yè)立足本國積極參與國際競爭問題上，忽視了我們海運企業(yè)如何參與國際競爭。完善且明確法制體系是推進港航建設的必要前提。法律保障上的缺失，使我國港航供應鏈制度化協(xié)調(diào)機制難以建立起來。